بیان شد كه مقاله اول دارای 5 فصل است. فصل اول كه درباره اركان و امزجه بود تمام شد. فصل دوم هم درباره اخلاط بود كه بیان شد. الان وارد در فصل سوم و به تعبیری وارد در امر چهارم از امور طبیعه می شود. در فصل سوم سه بحث وجود دارد:
 1 - تعریف اعضا.
2 - تقسیم اعضا به اعتبار عضو رئیسی و غیر رئیسی.
3 - تقسیم اعضا از نظر مفرد و مركب.
بحث اول *( تعریف اعضا )*: تعریف اعضا مركب از  دو جمله شده است جمله اول « اجسام متولده من اول مزاج الاخلاط » است و جمله دوم « كما ان الاخلاط اجسام متولده من اول مزاج الاركان ». جمله دوم، تعریف برای اعضا نیست بلكه تشبیه است برای اینكه مطلبی كه در جمله اول بیان شده با عبارت دیگری در یك موضوع دیگری كه اركان است بیان شده است. یعنی بیان می كند نسبت بین اعضا و اخلاط مثل نسبت بین اخلاط و اركان است. چون سیر بحث به این صورت است كه ابتدا از اركان شروع می شود و بعداً از اركان، مزاج تشكیل می شود و بعد از مزاج، اخلاط تشكیل می شود و بعد از اخلاط، اعضا تشكیل می شود لذا باید به این ترتیب بحث شود تا تعریف اعضا روشن شود. پس ابتدا جمله دوم توضیح داده می شود بعدا جمله اول توضیح داده می شود.
اركان كه در عالم خارج به صورت عناصر اربعه موجود هستند به اینها اركان بالفعل گفته می شود چون بالفعل در خارج موجود هستند اما وقتی این اركان با یكدیگر مخلوط می شوند در فصل اول بیان شد كه از تركیب اركان، مزاج حاصل می شود به همان تفصیلی كه بیان شد. وقتی اركان با یكدیگر تركیب شدند مزاجی حاصل می شود كه آن مزاج سه قسم می شود به عبارت دیگر از تركیب اركان، سه موجود متولد می شود و از آنها تعبیر به موالید ثلاثه می كنند و در كتاب شرح چغمینی كه كتاب نجومی است بیان كرده كه آباء این موالید ثلاثه علویات است و امهات آن سفلیات است. یعنی تاثیراتی كه كواكب و سیارات در عناصر می گذارند و تاثراتی كه این عناصر از علویات می پذیرند باعث ایجاد موالید ثلاثه كه جماد و نبات و حیوان است می شود *( انسان هم جزء حیوان شمرده می شود )*.
انسان در ظاهر از بعضی از نباتات و حیوانات تغذیه می كند اما در واقع از اركان اربعه تغذیه می كند چون این نبات از اركان اربعه تولید شده پس انسان به واسطه نبات از اركان تغذیه می كند و همینطور مزاج حیوان از اركان تولید شده پس انسانی كه بعض حیوانات را می خورد در واقع از اركان تغذیه می كند.
وقتی انسان از نبات و حیوان تغذیه می كند غذا، از آنها تولید می شود كه از آن تعبیر به خلط می شود وقتی خلط تولید شد به این خلط، رطوبت اولیه گفته می شود. وقتی این خلط در عروق بدن كه جاری است نضج پیدا می كند و به آن هضم عروقی می گویند كه هضم سوم است « چون هضم اول هضم معده ای بود و هضم دوم هضم كبدی بود » تبدیل به رطوبت ثانیه می شود.
در اینجا یك سوال مطرح می شود و آن اینكه آیا نمی  توانیم خود عناصر اربعه را تغذیه كنیم مثلا آب را می خوریم و هوا را تنفس می كنیم؟ جوابی كه داده می شود این است كه اگر آب به صورت مستقل خورده می شود در مقاله سوم همین كتاب ص 85 بیان می شود كه از آن تعبیر به غذا نمی كنند و غذای بدن نیست بلكه مبدرق و بدرقه كننده طعام است تا آن را به عضو برساند. پس آبی كه خورده می شود تبدیل به غذای بدن نمی شود بلكه آب عنصری كه از آن مزاج نباتی یا حیوانی حاصل شده غذای بدن انسان می شود. همینطور در هوا هم گفته می شود این هوائی كه استنشاق می شود از طریق ریه به قلب می رسد و با بخش لطیف خلط مخلوط می شود و از آن روح حیوانی تولید می شود نه اینكه از آن، غذا تولید شود و بدن از آن تغذیه كند.
در اینجا به این صورت گفته می شود كه نبات و حیوان چون واضح بوده مصنف اشاره به نبات و حیوان نكرده بلكه به این صورت تعبیر كرده « ان الاخلاط اجسام متولده من اول مزاج الاركان ». یعنی اخلاط، جسم هایی هستند كه از اولین مزاج اركان متولد شدند یعنی وقتی اركان با یكدیگر مخلوط شدند و مزاج نباتی و حیوانی را تشكیل دادند و ما این مزاج نباتی و حیوانی را تغذیه كردیم وقتی وارد كبد شد و نضج كبدی پیدا كرد تبدیل به خلط می شود. این مطالب در كتاب مفرح القلوب آمده است.
اما توضیح جمله اول این است: از خلطی كه در كبد تولید شده تعبیر به رطوبت اولیه می كنند. اخلاط اربعه همان عناصر و اركان خارجی بودند كه آن اركان، مزاج نباتی و حیوانی را پذیرفته بود و بعدا تغذیه بدن شده بود. این اخلاط هم كه از كبد بیرون می آیند در خود عروق یك هضم و نضجی پیدا می كنند و دارای مزاج جدیدی می شوند در اینصورت قابلیت پیدا می كنند كه غذای عضو شوند و تبدیل به عضو گردند. پس عضو تشكیل از اجسامی شده كه آن اجسام از اولین مزاج اخلاط تولید شده است.
در اینجا بحث دیگری هست و آن اینكه وقتی عناصر اربعه را به واسطه اینكه در نبات و حیوان موجود است تغذیه كردیم تبدیل به دو بخش لطیف و غلیظ می شود. این بحث هایی كه تا اینجا بیان شد در مورد بخش غلیظ خلط بود كه هضم عروقی پیدا می كند اما بخش لطیف آن تبدیل به ارواح می شود. توضیح ارواح در آخر مقاله اول می آید.

*« الفصل الثالث فی الاعضاء »*
فصل سوم در اعضا است.
*« و هی اجسام متولدة من اول مزاج الاخلاط »*
اعضاء اجسامی هستند كه از اولین مزاج اخلاط متولد شدند *« یعنی اولین چیزی كه خلط به آن تبدیل می شود چیزی است كه آماده شده تا تبدیل به عضو شود »*.
*« كما ان الاخلاط اجسام متولدة من اول مزاج الاركان »*
همانطور كه اخلاط اجسامی هستند كه از اولین مزاج اركان متولد شدند.

از اینجا وارد در تقسیم اعضا می شود.
بحث دوم *( تقسیم اعضاء )*: اعضا در یك تقسیم بندی به دو قسم تقسیم می شوند:
قسم اول: عضو رئیسه است. این بر دو قسم تقسیم می شود:
اول: عضو رئیسه به حسب بقاء شخص، كه عبارت از قلب و دماغ و كبد است.
دوم: عضو رئیسه به حسب بقاء نوع، كه عبارت از قلب و دماغ و كبد و انثیان است. یعنی اعضای رئیسه كه در بدن ما وجود دارد گاهی برای بقاء وجود شخص به این اعضاء رئیسه نیاز است كه سه مورد است و گاهی برای بقاء وجود نوع به این اعضاء رئیسه نیاز است كه چهار مورد است.
قسم دوم: عضو غیر رئیسه است. این بر دو قسم تقسیم می شود:
اول: خادمه الرئیسه است. یعنی اعضایی كه خادم اعضای رئیسه هستند. چون در اعضای رئیسه بیان شد كه به حسب بقاء شخص سه تا است و به حسب بقاء نوع چهار تا است در اینجا *« یعنی در خادمه الرئیسه »* این دو تقسیم بندی كه در اعضای رئیسه شده مطرح نگردیده است و به طور مطلق گفتند. چون اعضاء رئیسه چهار تا است پس 4 خادم وجود دارد كه عبارتند از:
1 - اعصاب كه خادم برای دماغ هستند.
2 - شرائین كه خادم برای قلب هستند.
3 - اورده كه خادم برای كبد هستند.
4 - اوعیه المنی كه خادم برای انثیان هستند.
دوم: غیر خادمه الرئیسه هستند. آن اعضایی كه خادم رئیس نیستند به دو قسم تقسیم می شود:
1 - یا مرؤوسه *« بلا خادمه »* است. مثل كلیه و معده و طحال و ریه كه اعضایی هستند كه از اعضاء رئیسه به اینها قُوی و نیرو افاضه می شود *« توضیح قُوی در فصل بعد می آید »* در حالی كه اینها خادم اعضای رئیسه نیستند.
2 ـ غیر مرؤوسه *« لا خادمه و لا مرؤوسه »* هست. یعنی خادم اعضاء رئیسه نیستند و از اعضاء رئیسه به اینها قُوی افاضه نمی شود مثل غضروف و استخوان.

*« و هی تنقسم الی رئیسة و غیر رئیسة »*
اعضا تقسیم به دو قسم می شوند كه عبارت از رئیسه و غیر رئیسه است.
*« و التی لیست برئیسة تنقسم الی خادمة الرئیسة و الی غیر خادمة الرئیسة »*
عضوی كه رئیسه است تقسیم بندی آن را در اینجا انجام نمی دهد بلكه بعدا مطرح می كند اما عضوی كه غیر رئیسه است تقسیم به دو قسم می شود كه عبارت از خادم رئیسه و غیر خادم رئیسه است.
*« و التی لیست بخادمة الرئیس* تنقسم الی مرؤوسة و الی غیر مرؤوسة »*
آن كه خادم رئیسه نیست به دو قسم تقسیم می شود كه عبارت از مرؤوسه و غیر مرؤوسه است.

از اینجا وارد توضیح اعضا رئیسه می شود و بیان می كند اعضا رئیسه اعضایی هستند كه مبدأ برای قُوی هستند. بعدا در فصل چهارم بیان می شود كه سه قوه در بدن وجود دارد كه عبارتند از قوه طبیعیه كه تغذیه بدن به عهده آن است و قوه حیوانیه كه حیات بدن به وسیله آن قوه است و قوه نفسانیه كه حس و حركت بدن به وسیله آن قوه است.
اعضایی در بدن وجود دارد كه عبارتند از كبد و قلب و دماغ، كه این اعضا مبدء برای این قوی هستند یعنی كبد مبدأ برای قوه طبیعیه هست و قلب مبدأ برای قوه حیات هست و دماغ مبدأ برای قوه نفسانیه هست.
اینكه گفته می شود *« مبدءِ قُوی است »* مراد از *« مبدء »* چیست؟ در كتاب مفرح القلوب صفحه 84 بیان شده كه مراد از مبدء، سبب وجود قوی است یعنی سبب وجود قوه طبیعیه در بدن كبد است و سبب وجود قوه حیوانیه در بدن قلب است و سبب وجود قوه نفسانیه در بدن دماغ است. و سبب وجود نوع انسانی در بدن انثیین است.
*« اما الاعضاء الرئیسة فهی التی تكون مبادی للقوی »*
اما اعضاء رئیسه، اعضایی هستند كه مبدأ برای قوی هستند.
*« محتاجا الیها فی بقاء الشخص او النوع »*
احتیاج به این قُوی است در بقاء شخص یا در بقاء نوع.
*« اما بحسب بقاء الشخص فثلاثة »*
اما به حسب بقاءشخص سه تا است.
*« القلب و هو مبدأ قوة الحیوانیة »*
اول، قلب است كه مبدء قوه حیوانیه است.
*« و الدماغ و هو مبدأ قوة الحس و الحركة »*
دوم، دماغ است كه مبدء قوه حس و حركت است.
*« و الكبد و هو مبدأ قوة التغذیة »*
سوم، كبد است كه مبدء قوه تغذیه است.
نكته: درباره هر یك از این سه عضو « قلب و دماغ و كبد » دو بحث مطرح می شود:
بحث اول: چرا احتیاج به این قوه است؟
بحث دوم: دلیل بر وجود این قوه در فلان عضو چیست؟
علت احتیاج به قوه حیوانی: چون بدن انسان همانطور كه در فصل اول توضیح داده شد *« و بدن تمام موجودات »* از عناصر اربعه موجود شده این عناصر اربعه هر كدام بالطبع مایل هستند به اینكه به سمت مكان خودشان بروند یعنی عنصر آبی كه در بدن ما وجود دارد می خواهد بالطبع به سمت مكان آب برود و عنصر هوایی كه در بدن ما وجود دارد می خواهد بالطبع به سمت مكان هوا برود و هكذا بقیه عناصر. چون این عناصر اراده انفكاك و جدایی دارند باید یك قوه ای وجود داشته باشد تا اینها را جَبراً كنار هم نگه دارد و نگذارد از یكدیگر متفرق شوند لذا كسی كه از دنیا می رود بدنش متعفن و فاسد می شود و تا وقتی كه این قوه و نیرو در بدنش موجود است بدنش متعفن و فاسد نمی شود.
به چه علت قوه حیوانیه در قلب وجود دارد: دو علت در كتاب مفرح القلوب صفحه 85 بیان شده:
1 - چون قلب اولین عضوی است كه متكوّن و متحرك می شود و آخرین عضوی است كه از حركت می ایستد. این، دلالت می كند بر اینكه معدن حیات، قلب است.
2 - اگر یك شریان و سرخرگی را به صورت محكم با نخ ببندید آن عضو متعفن و فاسد می شود و مانند عضوِ مُوتی می شود. و چون شریان از قلب رویش پیدا كرده است پس مبدأ این قوه از قلب است.
علت احتیاج به قوه نفسانیه: چون بعضی چیزها برای بدن انسان نافع است و بعضی چیزها مضر است لذا لازم است یك نیرو و قوه ای در بدن انسان وجود داشته باشد كه به واسطه آن نیرو، بدن انسان دارای یك شعوری شود تا آنچه كه ضرر دارد از خودش دفع كند و آنچه كه نافع است به خودش جذب كند. آنچه كه عهده دار این كار است از آن تعبیر به قوه نفسانیه می كنند.
به چه علت قوه نفسانیه در دماغ وجود دارد: دو علت در كتاب مفرح القلوب صفحه 86 بیان شده است. یكی این است كه اگر بعضی از عصب ها بریده شود آن عضو از حس و حركت باز می ایستد و عصب ها از دماغ رویش پیدا كردند پس مبدأ این قوه از دماغ است. علت دوم به كتاب مفرح القلوب مراجعه شود.
علت احتیاج به قوه طبیعیه: چون بدن همیشه در حال تحلیل است لذا احتیاج به این دارد كه چیزی بدل ما یتحلل قرار بگیرد پس نیاز به یك نیرویی است كه بدل ما یتحلل شود و تغذیه بدن را انجام دهد.
به چه علت قوه طبیعیه در كبد است: در اینكه این قوه در كبد وجود دارد یا ندارد اختلاف بین اطبا است. بعضی گفتند در خود كبد وجود دارد و این قول، قول مشهور است. دلیل بر این مطلب این است كه اگر وریدها منسد شود و راه آنها بسته شود در حالی كه در خود آن عضو « كه وریدش منسد شده » غذا موجود باشد تغذیه خودش را ادامه می دهد و فعل آن عضو در تغذیه باقی می ماند. لذا بعضی استدلال كردند كه مبدء قوه طبیعیه، كبد نیست بلكه هر عضوی در بدن خودش دارای یك قوه تغذیه است. پس این دلیل را هم می توان دلیل بر این آورد كه مبدء قوه طبیعیه، كبد است هم می توان دلیل بر این آورد كه مبدء قوه طبیعیه، عضو است.
نكته در بیان فرق بین تغذیه و تنمیه: در كتاب مفرح القلوب صفحه 86 آمده: *« حاجت به تغذیه بدن دائمی است »* یعنی از ابتدا كه بدنیا آمدیم تا آخر عمر احتیاج به تغذیه وجود دارد چون بدل ما یتحلل می شود. اما بحثی به نام رشد و نمو است كه حاجت بدن انسان به رشد و نمو تا وقتی است كه بدن احتیاج به رشد و نمود دارد و بدن انسان تا آخر عمر احتیاج به رشد و نمو ندارد بلكه تا سن 30 یا 35 سالگی رشد و نمو وجود دارد. پس بین تغذیه و تنمیه فرق است.
نكته: انسان به حسب بقاء نوع به این سه عضو احتیاج دارد اما عضو چهارمی هم احتیاج دارد كه انثیان است.
علت احتیاج به انثیان: چون محل نضج منی هستند و در نتیجه نوع انسانی به آن احتیاج دارد.
اما به چه علت بیان نشد كه وجود انسان به حسب بقاء نوع فقط انثیان است و 4 مورد ذكر شد؟ چون بقاء نوع بعد از بقاء شخص است پس آنچه كه عضو رئیسه برای بقاء شخص است برای بقاء نوع هم خواهد بود لذا علاوه بر آن سه عضو احتیاج به عضو چهارم هم دارد.
*« و اما بحسب بقاء النوع فهذه الثلاثة مع رابع و هو الانثیان »*
اما به حسب بقاء نوع آن سه تا همراه با چهارمی است كه عبارت از انثیان است.